Dalam proses penyelenggaraan kegiatan belajar mengajar, seluruh Sekolah Islam Terpadu (SIT) menjadikan pendidikan karakter sebagai pilar utamanya. Untuk membentuk karakter bukanlah proses yang mudah. Tidak mudah memberi nasihat atau instruksi pada seorang anak yang masih memiliki insting untuk bertahan dan membela diri. Diperlukan banyak kesabaran, pembiasaan serta pengulangan.
Proses pendidikan karakter merupakan keseluruhan proses pendidikan yang dialami peserta didik sebagai pengalaman pembentukan kepribadian melalui memahami dan mengalami sendiri suatu nilai, seperti nilai moral dan nilai-nilai ideal agama. Ciri khas pendidikan karakter yang diterapkan pada SIT, salah satunya melalui pembiasaan ibadah. Sesuai pengembangan prinsip pendidikan nomor 1, yaitu menjadikan Islam sebagai landasan filosofis.
Peserta didik diharapkan mampu membiasakan ibadah rutin tanpa perlu dipaksa atau diperintah. Dengan penuh kesadaran diri, bahwa ibadah kepada Allah SWT merupakan kebutuhan rohani masing-masing. Ibadah kepada Allah SWT bukan semata suatu kewajiban, lebih dari itu, yaitu untuk menjadi kebutuhan yang kalau tidak terpenuhi maka akan merugikan diri sendiri.
Prinsip yang nomor 2 ialah mengintegrasikan nilai Islam ke dalam kurikulum pembelajaran. Sekolah memahami jika peserta didik hanya mendapat transfer ilmu pengetahuan, maka prinsip ini tidak akan terpenuhi. Bagaimana ketika seorang peserta didik belajar matematika tetapi tetap terhubung dengan nilai-nilai Islam? Inilah tugas sekolah, terutama para guru untuk selalu mengasah keterampilan mengajarnya. Perbanyak literasi mengenai Islam sehingga mampu menyampaikan nilai moral yang terkandung pada tiap mata pelajaran yang diajarkannya.
Selain itu, terdapat prinsip pendidikan nomor 6 yang tidak kalah pentingnya, yaitu melibatkan peran serta orang tua dan masyarakat dalam mendukung tercapainya tujuan pendidikan. Tidak dapat dipungkiri, diperlukan dukungan yang kuat dari berbagai pihak. Sekolah dan orang tua harus bekerjasama. Dalam hal ini menciptakan seorang peserta didik sekaligus muslim yang sebagaimana mestinya, seperti yang dicontohkan oleh Rasulullah SAW. Dengan adanya kerja sama antara guru, orang tua, masyarakat lingkungan sekitar dan siswa, maka bukan tidak mungkin proses belajar mengajar akan jauh lebih mudah.